El diagnóstico genético se realiza mediante análisis en el ADN de las células obtenidas de la sangre, saliva u otros tejidos. Actualmente los test utilizados son mas sencillos y sensibles lo que permite identificar los defectos con rapidez y precisión en el gen o genes que queremos estudiar, descifrando las causas moleculares de la enfermedad.
El diagnóstico enzimático se realiza estudiando la actividad de la proteína correspondiente. Reproducir su función en el laboratorio es indispensable para el diagnóstico de la mayoría de las enfermedades lisosomales.
Los biomarcadores son elementos que podemos medir en la sangre y otros fluidos y resultan útiles para orientar en el diagnóstico y seguimiento de enfermedades. De acuerdo con la Food and Drug Administration (FDA) de los Estados Unidos, los biomarcadores se definen como elementos medibles que pueden usarse como indicadores en procesos biológicos y patológicos normales, o en respuesta a una exposición o intervención terapéutica. En las enfermedades lisosomales, hay varios marcadores biológicos que podemos cuantificar y son herramientas útiles en el diagnóstico y seguimiento para detectar variaciones en la estabilidad de la respuesta al tratamiento.